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品种不同，黑胡椒是胡椒目、胡椒科的一种开花藤本植物，花椒是芸香科、花椒属落叶小乔木。果实不同，黑胡椒的果实在熟透时会呈现黑红色，并包含一粒种子，未成熟时干后变黑色。花椒果呈紫红色，单个分果瓣散生微凸起的油点，顶端有甚短的芒尖或无。
原产地不同，黑胡椒原产于南印度，在当地和其它热带地区都有着广泛的种植。花椒原产于中国，原生于喜马拉雅山脉，后沿江河移植到中国地理第二阶梯。
生长环境不同，为黑胡椒阳性树种，喜光照，也稍耐阴湿，抗寒力强，以湿润肥沃的微酸性砂质土壤生长最为良好。花椒见于平原至海拔较高的山地，耐旱、喜阳光。
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