口袋妖怪漆黑的魅影二周目跳过动画之后回到了家里。下楼之后爸爸给了船票，此时米可利打来电话说要玩家去找其他冠军的秘密基地。
二周目在选择跳过动画之后回到了家里。
下楼，爸爸给了船票。
爸爸走后，米可利打来电话说要我们去找其他冠军的秘密基地。
然后是看电视选择水都的颜色，建议选择不喜欢的那个。
出门后小田卷博士带着来到研究所，升级全国图鉴。
去水静市找米可利，就在一周目过不去的那个魅影摩天楼门口(水静市地图)。
首先来到冬雪镇，化石迷的家里可以拿到第二块化石(冬雪镇地图)。
同样是拿到得文公司二楼复活。
冬雪镇向左穿过流星瀑布，这里的洞口内找到小赤和小绿，可以对话挑战(流星瀑布附近114号路地图)。
小赤精灵：Lv.62妙蛙花 Lv.62喷火龙 Lv.62水箭龟 Lv.62乘龙 Lv.63卡比兽 Lv.66皮卡丘。
小绿在门口那里，差点漏掉，对话挑战。
飞到茵郁市，在这里冲浪向下走，找到希罗娜的秘密基地(119号路地图)。
与希罗娜对话可以挑战她。
希罗娜精灵：Lv.62冰精灵 Lv.62假面蔷薇 Lv.62波克基斯 Lv.62鬼盆栽 Lv.63路卡利欧 Lv.64烈咬陆鲨
茵郁市左边的天气研究所，到二楼与研究员对话得知某处降雨(小夜为127号道路)。
飞到绿岭市向下冲浪沿着右边岩石走，这里潜水下去。
在有光的地方上浮，进入洞口。
尽头可捕捉Lv.70海皇牙。
再次回到天气研究所与研究员对话，得知某处天气干燥。
飞到冬雪镇，向左走，这里多了处洞口。
洞穴深处捕捉Lv.70古拉顿。
茵郁市向右下走，这个洞里找到渡(120号路地图)。
渡精灵：Lv.62刺龙王 Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三头龙 Lv.62双斧战龙 Lv.63血翼飞龙 Lv.64快龙
冬雪镇向右走，冲上斜坡，这里找到阿戴克和爱丽丝(111号路地图)。
阿戴克精灵：Lv.62噬魂吊灯 Lv.62怪力 Lv.62狡猾天狗 Lv.62胡地 Lv.63战羽鹰 Lv.64焚翼蛾
5、艾莉丝在右下角
艾莉丝精灵：Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三头龙 Lv.62七夕青鸟 Lv.62血翼飞龙 Lv.63快龙 Lv.64双斧战龙
随便提下，流星瀑布的大吾在这个多出来的洞内，可以去挑战(当然不去也没什么关系)。
大吾精灵：Lv.61盔甲鸟 Lv.62青铜钟 Lv.62班吉拉 Lv.62摇篮百合 Lv.62太古盔甲 Lv.64巨金怪
小光在冠军之路的出口处，跟4.5版本一样，可以去挑战(冠军之路地图)。
小光精灵：Lv.54七夕青鸟 Lv.54火爆兽 Lv.54巨龙花 Lv.54大力鳄 Lv.55沙奈朵
回去找米可利对话，这是接到了有挑战者来的电话(水静市魅影摩天楼门口)。
脑海中响起了小赤等人的对话，回神后继续剧情。
飞到精灵联盟接受挑战吧，与守门的两人对话。
挑战者竟然是N，对话后进入战斗。
N精灵：Lv.66雪妖女 Lv.66钢钻鼹鼠 Lv.66噬魂吊灯 Lv.66自爆磁怪 Lv.67索罗亚克 Lv.68三头龙
胜利后主角辞去了冠军的职位。
然后……然后主角就醒了。
漫长的回忆终于结束，现在位于阿克罗马的实验室内。
然后是一段很长的剧情对话，要去寻找小遥小光，询问有关三日月之羽的事情。
在门口的博士给了点小遥的线索。
出门是在梦之实验室，古辰镇向右冲浪找到新增的变化洞窟(103号路及山洞地图)。
洞内找到小遥，一见面就要精灵对战，好吧。
小遥精灵：Lv.62电龙 Lv.63火焰鸡 Lv.63蜥蜴王 Lv.63巨沼怪
胜利后从小遥那里得到三日月之羽，再次对话可以无限挑战(等级不够千万别手欠QAQ)。
小遥精灵(二次对话)：Lv.85电龙 Lv.85雪妖女 Lv.85蜥蜴王 Lv.85火焰鸡 Lv.85沙漠蜻蜓 Lv.85巨沼怪
橙华市左边的橙华森林，这个洋馆可以进入了(橙华森林地图)。
在最深处找到小光，检查后发现有精灵在控制他，进入战斗(森林洋馆地图)。
小光精灵：Lv.62七夕青鸟 Lv.62火爆兽 Lv.62巨龙花 Lv.62大力鳄 Lv.63沙奈朵
回到一层的另一个门口，墙上开了个路口，踩白色地板传。
送得到月食之羽，打败突然跳出的Lv.35噬魂吊灯。
回到梦之实验室找到阿克罗马，即可开启梦世界，通过这里的床通往世界狭缝。
去凯那市坐船(凯那市地图)。
船上遇到亚希达，开启对战开拓区，在二号房间休息即可到达水静市。
再次与水静市的水手对话可去南方小岛(去南方小岛的船票一周目已拿到)(水静市地图)。
研究中间的装置可捕捉Lv.50拉帝欧斯(看电视时未选择的那只)。
选择的另一只Lv.40拉迪亚斯在全地区随机遇(小夜是在沙漠)。
飞到武斗镇，走上方的洞窟，这里的洞口出现了(武斗镇洞窟地图)。
进洞回答问题，选择否，得到破坏因子。
飞到茵郁市，向右走，在水池里冲浪到达这里的洞(120号地图)。
洞里可捕捉Lv.80超梦。
暮水镇PC里大爆炸的学习点(暮水镇地图)。
房子里得到TM27报恩。
从暮水镇向右边沿最底层冲浪，带上古空棘鱼、巨鲸王和会挖洞技能的精灵(三神柱攻略)。
顺着水流来到这个水域，潜水下去，阅读石板后上浮。
对着石壁使用挖洞，出现一个洞口。
进洞后以吼鲸王为头，古空棘鱼为尾读两遍石壁，出现门打开的提示。
中间的洞里是圣柱王，现在还不能抓
飞到武斗镇向上冲浪，从左边的路口进入找到位于此处的遗迹。
阅读石板后顺时针贴墙走一圈，出现洞口。
洞内可捕捉Lv.40冰神柱。
从紫堇市向上走找到沙漠的遗迹。
阅读石板后左两步下两步使用碎岩打开洞口。
洞内可捕捉Lv.40岩神柱。
水静市向左走，找到这里的最后一个遗迹。
在中间使用闪光开启洞穴。
进入可捕捉Lv.40钢神柱。
暮水镇向左冲浪，回到开启机关的洞穴内，捕捉Lv.70圣柱王。
在绿岭市的宇宙中心二楼，与研究员对话得到诞生岛船票(绿岭市地图)。
去水静市码头坐船到达诞生之岛(水静市地图)。
沿最短路线推三角，直到再次推到中间即可捕捉Lv.50迪奥西奇斯。
在古辰镇右边的梦之实验室，在最里面的床上进入世界狭缝，选择左边的绿色大门。
进入反转世界，银河团和等离子团正式登场。
剧情结束后主角出现在梦源镇床上，小遥也在这里。
再次点床可以回到世界狭缝。
向下走来到红莲之窟，在洞内被抢走了两根羽毛，之后进入战斗(红莲之窟地图)。
暗之忍精灵：Lv.64黑鲁加 Lv.64鬼盆栽 Lv.66阿勃索鲁
沿着路走，银河团抢走了月食之羽，洞口遇到银河团干部，进入战斗
银河团干部精灵：Lv.64青铜钟 Lv.64电击魔兽 Lv.64梅卡阳玛 Lv.66猫老大
胜利后出洞到达沙蜃镇，商店里可买到火焰石(沙蜃镇及道馆地图)。
沙蜃镇镇上有道馆，在门口遇到了梦世界的小光。
梦世界第一个道馆为地面系。
馆主精灵：Lv.64重甲暴龙 Lv.64鲶鱼王 Lv.64钢钻鼹鼠 Lv.65天蝎王
胜利后得到TM56压路。
出镇向上走，在试炼之山桥边遇到盔甲人。
捡到TM47钢翼。
沙蜃镇向上到达森隐镇，商店里出售黑淤泥等(森隐镇地图)。
世界第二个道馆为毒系，有红色交叉花纹的砖是可以过去的，附线路图。
馆主精灵：Lv.67毒刺水母 Lv.67尼多王 Lv.67尼多后 Lv.68叉字蝠
利后得到TM36毒爆弹。
续向上走，在迷茫小径遇到N，进入战斗。
N精灵：Lv.70宝石海星 Lv.70猛犸猪 Lv.70风速狗 Lv.70巨钳螳螂 Lv.70狡猾天狗
话后继续向上，到达寄雨镇(寄雨镇地图)。
观门口的女子拜托主角找回图图犬。
雨镇商店出售气息腰带等道具(魅影5.0里气息腰带为消耗性道具)。
森影镇向上走来到魅影之森，在深处发现银河团的人(魅影之森地图)。
银河团用月食之羽控制了希罗娜和库鲁玛的精灵，主角挺身而出。
银河团干部精灵：Lv.72铁盘坚果 Lv.72叉字蝠 Lv.72巨蔓藤 Lv.73饭匙蛇
胜利后与希罗娜二人对话，得知这个世界的图鉴拥有者们也被冻结了。
事件解决，回到寂雨镇得知图图犬已经回来了，并得到神奇糖果(寂雨镇地图)。
可以去挑战道馆了，鬼系，需要踩蓝色地板传送。
只有一条路线没什么可说的，这里被堵住路口只需要返回重新走一次即可。
传送到这里，还是踩来时的地板即可到达馆主面前。
馆主精灵：Lv.71海月水母 Lv.71鬼盆栽 Lv.71噬魂吊灯 Lv.72耿鬼
胜利后得到TM30影子球。
回到魅影之森剧情点，从这里跳下去向右(魅影之森地图)。
走出森林到达虹影市，商店出售叶之石等(虹影市地图)。
挑战草系道馆。
馆主精灵：Lv.74蜥蜴王 Lv.74叶精灵 Lv.74斗笠菇 Lv.75优雅仙子
胜利后得到TM09种子机枪。
向右走在桥上遇到小光和暗之三位一体，进入战斗。
暗之忍精灵：Lv.77狡猾天狗 Lv.77铁面忍者 Lv.78巨钳螳螂
阿戴克出现，对话后二人分道扬镳，继续向右走去映海市(映海市及通道地图)。
映海市的商店出售水之石等。
映海市道馆，虫系，与武斗镇道馆相似。
馆主精灵：Lv.77大针蜂 Lv.77巨钳螳螂 Lv.77梅卡阳玛 Lv.78赫拉克罗斯
胜利后得到TM52蜻蜓返。
向下冲浪，然后向右走，来到永冻之窟(永冻之窟地图)。
走出洞窟，冲浪向下到达寒瀑镇(寒瀑镇地图)。
寒瀑镇商店。
挑战道馆，冰系。
馆主精灵：Lv.81暴雪王 Lv.81冰精灵 Lv.81帝牙海狮 Lv.82雪妖女
胜利后得到TM13急冻光线。
用登瀑术上去，回到永冻之窟(永冻之窟地图)。
在出口附近看到七贤者之一，对话进入战斗。
维奥精灵：Lv.80冰鬼护 Lv.80铁甲贝 Lv.82玛狃拉
胜利后向上走，冲浪向左来到幻镜市(幻镜市地图)。
幻镜市的商店。
在道馆门口看见艾莉丝，对话后可以进入了，钢系。
馆主精灵：Lv.84青铜钟 Lv.84巨钳螳螂 Lv.84路卡利欧 Lv.85盔甲鸟
胜利后得到TM23钢铁之尾。
瀑布上面是冠军之路，暂时过不去，向下回到(梦源镇)。
穿过红莲之窟到达绝望荒漠，右边挡路的人不见了，向上走来到寐龙镇(红莲之窟地图)(绝望荒漠地图)(寐龙镇地图)。
寐龙镇的商店。
先去挑战道馆，龙系，需要点玉石传送。
馆主精灵：Lv.87刺龙王 Lv.87三头龙 Lv.87双斧战龙 Lv.88沙漠蜻蜓
胜利后得到TM02龙爪。
去粉碎赤日的阴谋吧。
穿过洞穴，来到下雪的地方(源初之山地图)。
这里进去攀瀑可捡到TM53气合弹。
走左边的洞口，沿着路走，进入这里的洞。
遇到了希罗娜和玛姿，继续向右走楼梯，遇到库鲁玛和银河团的朱庇特。
在洞窟尽头看到了萨坦，进入战斗。
萨坦精灵：Lv.86巨钳螳螂 Lv.86重甲暴龙 Lv.86姆克鹰 Lv.86鸭嘴炎龙 Lv.88毒骷蛙
终于要见到赤日了，准备充分后就进入吧。
看来库鲁玛与冥王龙有什么关系，赤日对世界的不满促使他要重新构建一个新秩序，怎么会让他得逞呢。
原来操控主角记忆的是他，但是火箭队的代码并不是他研发出来的，然后主角跳进了反转世界。
大吾和米可利来助阵后进入与赤日的对战(bug：这里输掉貌似就进不来了，所以打之前记得存档)。
赤日精灵：Lv.89玛狃拉 Lv.89黑鲁加 Lv.89绅士鸦 Lv.89叉字蝠 Lv.89暴鲤龙 Lv.92血翼飞龙
赤日维系着大门让主角离开了这个世界。
从希罗娜口中得知库鲁玛可能去找基拉帝纳了，回到寐龙镇的主角发现等离子团已经占领了小镇。
与中间的忍者对话进入战斗(寐龙镇地图)。
暗之忍精灵：Lv.86巨牙鲨 Lv.86梦魇 Lv.88夜黑魔人
胜利后等离子团的人消失了，简要的跟渡和艾莉丝说明情况后，二人表示也要一起去调查酋雷姆的事。
准备好后到下方与渡对话传送到永冻之窟(永冻之窟地图)。
进入永冻之窟，之前与七贤者战斗地方多了个楼梯。
捡到TM54岩石之刃。
然后是推石头，将这里的两块分别推进左边两个洞里，需要推倒洞上方再点A(模拟器Z)才会掉下去。
将最右边的石头推进画面中的洞。
最后是上方的石头。
从这里起步，很轻松就能到达中间的楼梯。
在洞窟尽头遇到盔甲人，其真实身份是阿克罗马，进入战斗。
阿克罗玛精灵：Lv.88大钢蛇 Lv.88胡地 Lv.89自爆磁怪 Lv.90巨金怪
阿克罗玛走了，进入下一层。
阿戴克轻松化解了暗之忍的攻击，然后动身去找盖奇斯了。
走到楼梯处可自动恢复体力。
上前对话进入最后剧情，收集了两个世界的酋雷姆真是好辛苦啊_(:з)∠)_，然后进入双人战。
盖奇斯精灵：Lv.90黑色酋雷姆 Lv.90白色酋雷姆
虽然胜利了，但是并没有对盖奇斯造成影响，酋雷姆的力量仍然强大。
