仙剑五前传游戏共有十章剧情，玩家将化身主角夏侯瑾轩踏上神魔纷争。
夏侯世家的公子夏侯瑾轩登场，温文尔雅的表现得到下人的赞赏，却也被可惜武术不精、沉迷于神仙志怪类。在明州城卖艺的瑕和谢沧行之间发生冲突，无意中砸掉了皇甫卓送给瑾轩价值连城的玉佩。回到家的瑾轩，见到了来通告折剑山庄品剑大会事宜的姜承和欧阳弟子，此时瑕和谢沧行拜访夏侯世家坚持赔偿。有自己打算的瑾轩，向夏侯门主也就是其父夏侯彰申请了步行前往折剑山庄参加品剑大会之事，瑕、姜承与谢沧行当护卫，在瑾轩二叔夏侯韬的劝解下夏侯彰同意了瑾轩的请求。当晚姜承与瑾轩叙旧之时却遭遇了妖物的袭击，在瑕与谢沧行的帮助下战胜了妖物。
离开夏侯世家，数日后来到了风景优美的凝翠甸。旅途劳累的一行人决定在岸边休息，深夜里却受到了花妖的袭击。打败花妖后，姜承出现走火入魔之势，幸好瑾轩教姜承顺息平复。第二日到达碧溪村，在旅店里与几名小贼发生冲突，一名青衣女子出手帮助众人。女子名叫暮菖兰，在得知众人情况后决定也做瑾轩的护卫。五人结伴穿过千峰岭的过程中遭到了厉岩为首的魔族山贼的袭击，最后厉岩接受了姜承的挑战，胜负未分，但是姜承又出现了走火入魔之势，由此厉岩发现了姜承自己都不知道的秘密，于是他放走了姜承一行人，五人得以安全到达折剑山庄。
瑾轩一行人到达折剑山庄，遇见皇甫卓。姜承与皇甫卓、瑾轩二人有着很不错的关系，但是在欧阳世家的弟子中并不受欢迎。与皇甫卓告别后，瑾轩三人来到折剑山庄内院，见到了欧阳倩和欧阳世家大弟子萧长风，原来欧阳倩正是姜承不受同门待见的主要原因。
瑾轩在山庄内看见了摆擂台赚外快的瑕，赚到了钱的瑕邀请瑾轩一起去找暮菖兰喝酒，路上却把钱给丢了。找到折剑山庄门口，得知附近村民被雪石路的妖怪抓走。皇甫卓与姜承为了伸张正义前往营救，瑾轩三人也是义不容辞。在山腰瑾轩被吸取人魂魄加快修行的妖怪雪女迷惑，失去了知觉。瑕等人折回去寻找瑾轩的时候遇到了雪女，一番苦战后终于打败了她。瑾轩不忍心下手，却被雪女暗算令瑕等人动弹不得，除了暮菖兰以外。在菖兰犹豫是否要逃开的时候，谢沧行暗中救下了他们。
回到折剑山庄，巧遇蜀山弟子凌音和铁笔。铁笔不知出于何种目的称是自己救下了皇甫一行人。第二日，瑾轩父亲和二叔到达折剑山庄，拜会过欧阳英和皇甫门主皇甫一鸣后，看望姜承并认识其好友唐风（唐海）。品剑大会当日，瑕与暮菖兰也参与了比武，并得到奖励。这时萧长风提出要与姜承比试。姜承胜利后，萧长风恼羞成怒，偷袭姜承，负伤的姜承再次出现走火入魔之势，一拳打飞了萧长风，自己也倒地不起。当晚，一身黑袍的枯木出现在姜承面前，告知他的蚩尤后人身份，而且会众叛亲离。暮菖兰偷听到了同门师兄弟打算对姜承不利的情报。而姜承也因重伤同门而被赶出折剑山庄。隔日，前途迷茫的姜承在折剑山庄外遇见了瑾轩等人，众人决定四处旅游陪姜承散心。
步行了几日后，众人来到了深山密林（司云崖）。到达山顶后，众人看到了一方水坛，里面竟然映有神州地图。好奇的瑕触摸了水坛中西域位置，突然整个水坛连同附近地面（云来石）腾空飞起，不料空中遭到神龙的袭击，好在有惊无险地降落在了楼兰附近沙漠。在绿洲，遇见了龙溟和凌波。大家出于各自的目的，结伴前往楼兰，却发现楼兰陷入了诅咒，所有人都只能进到楼兰而无法离开。得知一切是楼兰王的鬼魂搞鬼后，瑾轩等人决定去找这个鬼魂。夜晚找到楼兰王后，与他大战了一场。楼兰王还附身到瑾轩身上。而楼兰王所做的一切，令有着国家信仰的龙溟愤怒，最终将他彻底毁灭。
而此时在中原，萧长风被枯木杀掉，并且在皇甫一鸣的安排下顺利嫁祸给远在楼兰的姜承。龙溟与魔族长老魔翳的对话情形都被凌波悄悄看在眼中。瑕照顾被楼兰王附身的瑾轩，两人之间出现了青涩懵懂的感情。
众人打败楼兰王，解除了楼兰的诅咒。姜承认出了龙溟的力量，与其私下交谈后若有所思。
与龙溟、凌波二人告别后，打算跟随商队返回中原，路遇沙虫，却在沙虫的不经意帮助下找到了云来石。迫于无奈的众人与兴奋不已的瑾轩乘坐云来石飞往皇甫家族所在的开封，可在路途中再遇神龙穹武，一番苦战后，众人终于明白了楼兰城下雨的真相。
来到开封皇甫家，皇甫一鸣安排了陷阱准备捕捉姜承，利用姜承达到自己的目的。姜承在暮菖兰的鼓动下决定逃亡，皇甫卓因为帮助姜承逃亡而被罚跪，却仍然心系姜承，让瑾轩去调查姜承被陷害的真相。
回到明州的瑾轩被父亲责骂了一番，最后二叔告诉其夏侯家族不能插手调查的原因。三人猜想姜承投靠了厉岩一群山贼，决定去将姜承找回来。在山贼营寨前遇到了来找厉岩的结萝，几句不和就大打出手。最终姜承出来相见，告知瑾轩自己已经做出了选择，返回山寨。结萝同样被关在了山寨之外，心情不好的她丢下了一些奇怪的毒药，三人晕倒，瑾轩醒来时发现已经在山下，然而，瑕却没有醒过来。
找到医生，医生让瑾轩等人去为瑕准备后事。愤怒之下瑾轩决定亲自去山寨找结萝算账，菖兰阻止了瑾轩，告诉瑾轩好好陪着瑕，自己一人去山寨找结萝。
暮菖兰独自来到山寨带结萝回碧溪村为瑕解毒，却发现了瑕的奇怪的病症。求医心切的瑾轩请结萝带路一起回苗疆寻找她的师傅为瑕治病，另有打算的结萝答应了瑾轩等人的要求。于是，众人和厉岩结萝一起前往苗疆。
在黑苗族居住青木居的外面青木小径中遇见了龙溟，龙溟听到了结萝关于神降密境的消息后告别众人独自离开。来到青木居，结萝的师傅看到瑕的症状，觉得很奇特，并非人力所能治疗，并且中原数年前也有人出现类似症状，那人与蜀山有渊源，让他们前往蜀山去找有“医圣”之名的草谷道长询问是否有治疗方法。
正好因为姜承的事也需要前往蜀山，但考虑到姜承的身份，故将其与厉岩、结萝留在了青木居。瑾轩一行人在蜀山在凌波的引见下见到了草谷，草谷看出是魔气困扰，让凌波带瑾轩等人去仙竹林取仙药材。
在仙竹林遇到了许久不见的谢沧行，在仙竹林取得药之后，菖兰想多取几份药材激怒了看守的仙灵，一番苦战后打败仙灵，愤怒的仙灵想收回本来赐给了瑕的仙药，但是在一行人的苦苦要求（更多的应该是看在谢沧行的面子上）下只是赶走了众人。
然而，仙药并不能治好满怀希望的瑕的病，在蜀山的御风台上，瑾轩找到了失落的瑕，鼓励她不要放弃。最后，瑕终于从失落中走出来，重新燃起了要活下去的信念，和瑾轩一起。
约好一起看星星的瑾轩和瑕，还有不知为何出现在御风台的菖兰发现璇光殿有入侵者。其实是龙溟欲闯璇光殿盗走神农鼎。凌波没有阻止龙溟进入璇光殿，反而带着瑾轩一行人一起进入了幻境，不得不与盗取神农鼎的龙溟联手。龙溟被看守三神器的三神之力重创，凌波帮龙溟破除封印之时也受到了神力的反噬。破除结界后龙溟带着神农鼎与凌波离开，留下瑾轩向蜀山的道长解释一切。
瑾轩如实陈述了看到的一切，而另外一边，龙溟和凌波来到凌波平素静心时的流光洞，让凌波在洞中等自己回来，自己身负重伤前往神降密境取水灵珠，并带走了凌波的珠花。料到他会前往神降密境的瑾轩一群人再次来到青木居，取得避毒珠后与追赶龙溟。瑾轩因为弄丢了珠子险些丧命，却因此拉近了与瑕的距离，和姜承的兄弟情义又更深了一步。
另一方面，身负重伤的龙溟遇见了看守水灵珠的骨蛇，险胜之后，却为保护神农鼎硬接下了骨蛇拼死的一击，深知伤重不治的龙溟，使出全身的力量将骨蛇钉于地面。垂危之际，枯木出现，龙溟交待完一切后闭上双眼。此时瑾轩一行赶到，枯木此次显得些许大意被众人看见了。瑾轩等人没有带走龙溟留下的武器和凌波的信物，以尊重死者，只取走了要交还蜀山的神农鼎。
枯木在所有人离开后，取走了龙溟留下的力量，带着力量来到流光洞，送给了还在等着龙溟归来的凌波，最后，他冻洁了全部流光洞。流光洞的石床上，只留下微笑着离开的凌波。
瑾轩一行人回到青木居，打算次日将神农鼎交还蜀山，顺便解决姜承的身份的事情。当晚枯木与暮菖兰见面。原来暮菖兰一直受雇于一个神秘雇主要她将瑕与姜承的消息交给他，但暮菖兰并不知道此人即是枯木。暮菖兰觉得此人很蹊跷，想打探他的底细。之后枯木姜承见面，让他妄想回到人类世界，只有魔族才是他的归宿。他还告诉姜承四大世家借追杀他的名义滥杀妖魔，而且刚从千峰岭回来，并给他一张蚩尤冢地图。与枯木见面后姜承非常担心山寨的兄弟们，决定和厉岩一起回山寨。瑾轩无奈，将姜承与厉岩送到千峰岭后，前往蜀山归还神农鼎，终于遇到了铁笔，可知皇甫一鸣并非从铁笔与凌音处得知姜承为魔族的事情。蜀山由于顾虑颇多，不便插手姜承之事，瑾轩指责蜀山道长后告辞而去。
瑾轩等人在碧溪村为山贼们购买了物资后，来到山寨却发现山寨已经被人类血洗，制服了发狂的厉岩，提前赶到山寨的结萝告诉众人是皇甫世家的人做了这一切，并且抓走了剩余的半魔山贼去了折剑山庄。厉岩姜承想去救人，瑾轩提出了进入山庄的计谋和策略。
重返折剑山庄，欧阳英为了家族的名誉，与姜承宣布断绝关系。面对四大世家疯狂的追杀，回想起之前在折剑山庄和在山寨经历的不同境遇，悲痛之下，姜承舍弃了自己的名字，改名姜世离。虽然形势有变，但在瑾轩和皇甫卓，欧阳倩的暗中帮助下厉岩与姜世离逃离了折剑山庄，狼狈逃回青木居。
姜世离想起枯木告诉自己的蚩尤祭坛，决定前往寻找自己的身世。走投无路的厉岩决定和他一起去寻找剩下的同胞，结萝的专一终于打动了这个完全不会笑的男子，萤火虫飞舞的夜空，在星星点点的希望中两人相依着睡去。
姜世离一行人找到蚩尤冢，解开了身上的所有谜，在看到覆天顶魔族的悲惨生活后决定接受魔君的称号，为人间的魔族创建一片乐土。虽然不舍，想通了的瑾轩与姜世离来了一场好兄弟之间的对决后离开覆天顶。在等解药的瑾轩等人决定陪菖兰去她的故乡看看。菖兰有些迟疑，但最后还是接受了，同样前往的还有不请自来的谢沧行。
菖兰对瑾轩和瑕坦白了自己做的一切，得到了众人的谅解。由于山神指出了瑕与村民的病因相同，几人前去蜀山寻求草谷的指点，草谷终于明白了瑕的病因，表示需要一种传说中的药材（誓缘枝）才能制作出解药，而这种药材需要去海外仙岛寻找。
由于不知道具体位置，无法乘坐云来石前往，瑾轩回家向父亲申请出航未果企图私自出海，被抓个正着，最后父亲同意了他这份无理的请求。在明州的码头，第一次瑾轩与瑕正视这份感情，此次航行，不知归期何时。
航行半个月，遇到不明震荡，船毁，众人漂流到一座神奇的岛屿（寒晶岛），并且被那里的冰麟长老授予了艰巨的任务，而任务的奖励就是他们此行的目的。完成了任务的众人被独善其身的仙灵们赶回了中原。
被传送到开封城外丹枫谷的一行人偶然听到了有人打算对皇甫世家不利的消息，与皇甫卓见面才知道自己在仙境待的这段时间，在中原已经5年过去了。得知姜世离一手创立的净天教与武林公然为敌（唐风也加入了净天教），四大家族均派人前往蜀山请求歼灭净天教。一行人先于四大家族赶到蜀山把药材交给草谷，炼药需要一定时间，于是瑾轩决定前往拜访姜世离问个究竟。
前往覆天顶，见到了模样完全改变的厉岩，并且已改名血手，被姜世离拒绝见面后回到蜀山。仙药炼制完成，瑕的病被治好了，并且为菖兰准备了拯救村子的仙药。一行人迫不及待赶回暮霭村，暮霭村与小黑终于得到了解脱。
在蜀山等四大家族到达的时候，净天教围攻四大家族，实际是想解开锁妖塔封印的行动开始了。谢沧行背负蜀山守护封印的大任，在锁妖塔与姜世离展开大战，最终兵解，重伤了枯木，并且化解了此次危机。
虽然姜世离最后念及故人之情离开了蜀山，然而他与瑾轩等人的情义也到此为止。
净天教进攻锁妖塔行动失败，返回净天教总坛，四大家族也返攻上山。当枯木与龙幽交谈之时被唐风发现，刺杀了枯木结果被净天教众人发现，最后被姜世离关押在地牢中。
此时枯木已经觉得那具身体即将陨灭，而瑕的到来令他产生夺瑕的身体作为傀儡的念头。当碰见夏侯彰时，枯木现出身份——夏侯韬，然而枯木没有留情，杀了夏侯彰与其随从。之后，瑾轩赶到，发现枯木与二叔竟是同一人。枯木解释瑕与夏侯韬是他附身的人选，他们只是他在人界的宿体。本身瑕在十六年前的大地动里已经死去，因为附魂玉在瑕体内才能使瑕存活。当众人打败枯木之后，枯木施展招数假攻夏侯瑾轩，瑕为了保护夏侯瑾轩而丧命。枯木被暮菖兰刺中倒下，魂魄飞离。
三人随后来到司云崖准备安葬瑕，谁知枯木魂魄忽然附身到瑕的身体，刺伤瑾轩与暮菖兰。瑾轩因瑕之前所赠之玉挡住而保住性命，暮菖兰却因此重伤。瑾轩只能孤身一人去找被枯木附身的瑕，并承诺暮菖兰无论生死一定会将瑕带回来，随后找到了枯木。枯木向瑾轩道出了他策划的整个阴谋，瑾轩与其交战。最终瑕魂魄还有一丝残存使枯木不能施展法术，为了人间的安宁，瑾轩不得已痛苦的用瑕的剑刺向了瑕的身体，瑕的魂魄最终苏醒过来，用自己最后的力气将瑾轩推开致使他不落入悬崖，掉下了山崖。瑾轩落地后，看到瑕落下去后立马跳下山崖，拼命地想抓住瑕的手。随后暮菖兰赶到，崖上却只见一只破碎的毛笔，再不见夏侯瑾轩和瑕。
续：之后数月，净天教被四大家族和蜀山派围攻失陷，姜世离被封印，血手将神农鼎送往魔界随后被青石、玉书打败。唐风将其女唐雨柔交付给草谷医治。夏侯家因两位门主的去世与少主失踪最后由远房接管逐渐败落。而皇甫卓成为皇甫门主并扶持欧阳家。欧阳倩隐居苍木山，为其子取名姜云凡。暮菖兰一直在等夏侯瑾轩与瑕的归来。当暮菖兰再次来到司云崖来看望他们的时候，突然听到背后有匆匆的脚步声，难道是……【终】
