口袋妖怪三周目玩家需要返回未白镇，来到小镇挑战赤爷和小健。接下来玩家将挑战捕获各种神兽，然后冲浪来到联盟挑战，挑战联盟后玩家三周目就结束了。
来到未白镇，往右边走，3周目正式开始。
来到新大陆往前走进入个小镇。
左边是赤爷，右边的是小健，没什么用，就是刷级的。
继续向前走。注，那男的是看个体和努力的。
与兰斯对话后进入对战。兰斯的精灵：60级的双弹瓦斯和阿伯怪，还有65的多刺菊石兽and狡猾天狗。
打败兰斯后可捕捉70级的X神。
回到刚刚的小镇，往右走来到沙漠。
沙漠可是个刷防御的好地方，但要小心三地鼠，它是加速度的。
继续在沙漠中潜行然后发现银河团，进入上面洞穴。
扫完队进入洞穴。
与镇星对话进入对战。
镇星精灵：62的叉字蝠和海牛兽，65的电击魔兽，68的毒骷蛙。
打败他后可捕捉70级的Y神。
然后再向下走出洞来到另一个小镇。
然后向下走，发现火箭队。
点这棵树。
与坂木对话进入对战。
坂木精灵：85级的超铁暴龙和烈咬陆鲨，87级的尼多王，88级的天蝎王和流氓鳄，以及90级的黑暗裂空座。
打败后可捕捉黑暗裂空座。
出来后向右走，先别管研究所向再向右边走看到下方有句向下走来到和平镇。
左边的房子里睡觉可捕50的达克莱伊，右边的可捕50的克雷瑟琳娜。
右边的研究所上方有80级的Z神。
然后回到村口往右走再向上走进入等离子团研究所。
与研究所内的源治对话进入战斗。
源治精灵：85级的七夕青鸟、烈咬陆鲨、血翼飞龙、刺龙王、暴鲤龙。
打败他后可捕捉50级的盖诺赛克特。
然后回到天空之路，往右边的河冲浪。
一直到这。
进洞后扫完小兵到最顶层进洞。
与赤木对话后进入对战。
赤木精灵：85级的暴雪王和叉字蝠，87级的暴鲤龙，88级的壶壶和玛狃拉，90级的黑暗神。
打败他后可以捕捉50级的黑暗神。
出洞后往左边冲浪，直到看见上方有路时往上方冲一直冲到联盟。途中会看见下方有条路，那条路没什么用，只是刷级用的。
接下来就是挑战联盟。
第一个，兰斯：鬼灯、天蝎、M老喷、三头龙、黑暗鸦。
第二个，镇星：火神虫、双斧战龙、毒骷蛙、M火鸡，流氓鳄、Y神。
第三个，赤木：黑鲁加、玛狃拉、班吉拉、暴鲤龙、黑暗神、叉字蝠。
第四个，坂木：超铁暴龙、尼多王、大针蜂、龙王蝎、流氓鳄、黑暗裂空座。
第五个，盖奇思：龙王蝎、Z神、雷希拉姆、丘雷姆、捷克罗姆、盖诺赛克特。
打败后三周目结束。
