1、炮制不当：临床应用的朱砂细粉多半质地不纯，甚至颜色发黑，究其原因，可能与炮制不当有关。目前，朱砂的炮制，仍有采用机械化加工，如使用球磨机研磨，这样会使有毒汞游离出来，所得朱砂细粉就必然发黑。内服这种朱砂，很明显会导致汞中毒。古法和2000版《药典》规定炮制朱砂时，均要求先以磁铁吸去铁屑，然后以水飞法不断加水研磨，方可得到红色细粉正品朱砂。这样炮制后的朱砂，游离汞和可溶性汞盐的含量最低。因此，临床选用朱砂应以外形光明无杂者为佳，其炮制应以《药典》规定的水飞法为准则。
2、剂量过大：朱砂镇心安神，常用于风痰诸痫、，精神恍惚、口吐白沫等证。临床对癫痫等精神疾患治疗时，常大剂量口服朱砂，致使中毒者屡有发生。2000版《药典》明确指出，含有朱砂的药中，朱砂含量应为0.1～0.5g，因此日服用量不能超过0.5g。
3、服用时间过长：临床有患者因患顽固性失眠症而长期轮换服用朱砂安神丸等含朱砂制剂，结果造成慢性肾功能衰竭。有学者计算了，当人体汞的积蓄量达到100mg时即可发生中毒反应。按照汞在人体内代谢速度推算，每天吸收10mg汞，经过10.5天即可达到100mg的体内积蓄量。因此，对一般患者，连续服用朱砂及其制剂的时间不宜超过7天。
4、制备服用方法不当：治疗失眠症的中药汤剂中，一些中药常用朱砂包衣，以提高其安神作用，如朱茯苓等。这些药常与其它中药一起入汤剂同煎，结果造成汞中毒。因此，朱砂入汤剂时，应用煎制好的药液或温开水冲服，禁止与群药同煎;朱砂挂衣的药物不宜入汤剂。同时，朱砂应避免与含铝成分的药物(如明矾)同用，也不宜将朱砂置于铝器中加水研磨，或盛放在铝器皿中。因朱砂与铝会发生化学反应，生成灰色的铝汞齐，而导致中毒。
5、配伍不当：研究表明，含朱砂的中成药不宜与碘化物、溴化物配伍同用。两者同时服用可在肠道内生成碘化汞或溴化汞，毒性大大增强，可导致药物性肠炎。而最有机会混合使用到这三种药物的要数神经衰弱和失眠患者。因此，患者服用含朱砂的安神中药时，一定不要同时服用三溴合剂之类含溴化物的西药。
