魂斗罗的故事发生在未来世界中。2631年，恐怖组织红色猎鹰，在新西兰附近的加鲁加群岛建立秘密基地，魂斗罗部队的比尔和兰斯潜入查看，意外地发现了外星异形生物（出自《魂斗罗》）。从此之后，魂斗罗与外星异形以及红色猎鹰的战斗开始打响。魂斗罗部队先后平息了异形控制GX军事基地事件（出自《超级魂斗罗》）、粉碎了某超级大国的异形克隆计划（出自《魂斗罗Operation C》）。2636年，异形战争爆发。异形全面入侵地球，魂斗罗部队比尔和兰斯击败了异形中枢“头脑生命体”之后战争结束，同时魂斗罗部队指挥官巴哈姆上校战功显赫成为英雄（出自《魂斗罗精神》）。
两年后的2638年，巴哈姆特上校委派比尔和魂斗罗部队新兵寒锋重回加鲁加群岛基地执行任务。让人意外是，红色猎鹰的基地被人再次开启了。比尔与寒锋分别从岛屿南北两面登陆，在火山口的基地入口处汇合。击败了复活的“阴兽魔神像”后，进入敌人腹地。
在位于基地底层的生化实验室，比尔和寒锋遇到了许多不分敌我四处攻击的丧尸士兵，以及被丧尸围住的曼德拉博士。博士请求魂斗罗部队救出他的女儿露西亚……
通过强化，英雄的技能伤害可以实现提升(所有英雄功用技能等级)，需要注意的是，技能强化等级会受到角色等级的限制，无法超越角色等级太多。当指挥官收集到足量的角色碎片后，即可使角色觉醒，再次强化角色属性，同时解锁觉醒技能。除此之外，英雄在装备指定的武器之后，还能够获得被动技能，使主动技能拥有更加出色的伤害能力或者附带击飞等特殊效果。指挥官也可以在角色界面了解到英雄的定位和生存、控制、移动等六项属性，初始属性的强弱从某角度而言取决于英雄的品阶。
军团 是《魂斗罗：归来》游戏中玩家集体经营的组织，需要同时有多位活跃玩家进行维持和升级的同时，也将为玩家带来buff和福利。军团资金主要是通过玩家的捐献和游戏中的活跃程度来获得的，只有志同道合，活跃而且协调一致的玩家才能最大限度的获得军团带来的优势。军团想要升级和开启福利，军团资金是必不可少的要素。军团捐献就是军团资金最主要的来源，军团捐献分为三档，初级捐献只需要金币，对于不是急需军团贡献的玩家来说是最普遍的选择。获得的军团资金可以用来提升军团建筑等级，也可以用来发福利开boss。
